Ebussuud Efendi, 58 senelik uzun memuriyet hayatının 17 senesini müderrislikte, 4 senesini kadılıkta, 8 senesi, kadıaskerlikte 29 senesi de şeyhülislamlıkta geçirdikten sonra İstanbul'da 22 Ağustos 1574 yılında 84 yaşında iken vefat etmiştir.
Fatih Camii'nde, devrin bütün ulemâ ve vezirlerinin, dîvan erkânının, sayılamayacak kadar halk topluluğunun iştiraki ve Muhşi Sinan Efendi'nin imametiyle cenaze namazı kılınmıştır.
Dönemin padişahı II. Selim'in, Ebussuud Efendi'nin ölümüne, iki yıl önce kaybettiği kendi oğlunun ölümünden daha çok üzüldüğünü tarihçiler kaydetmektedir.
Vefatı fevkalade üzüntü uyandıran Ebussuud Efendi için Mekke ve Medine ulemâsı vefatını işitince, İslâm büyükleri arasında sayılır kimselere nasip olan, gaib namazı kılmışlardır.
Kabri Eyüp Çarşısı'ndaki haziresindedir. Aynı hazirede ikisi kitabeli beşi kitabesiz 7 mezar daha vardır. Bunların büyük Şeyhülislam'ın evlat ve akrabalarına ait olduğu bilinmektedir.
NESEBİ VE ÇOCUKLARI
Ebussuud Efendi, aynı zamanda hocası olan Seyyid Karamani'nin kızı Zeynep Hatun'la evlenmiştir. Arapça iki vakfiyesinin tercümelerinden öğrenildiğine göre Mehmed, Mahmud, Şemseddin, Ahmet ve Mustafa adında dört oğlu ile Hatice, Kerime ve Halime adında üç kızı vardır. Vefatında ise Mustafa Çelebi'den başkası hayatta değildi.
Çocuklarının küçük yaşta ve kendinden önce vefat etmeleri Ebussuud Efendi'yi son derece üzmüştür. Bir baba şefkatiyle onların acı ayrılığına dayanamayarak ağlamış ve çocukları için Türkçe şiirler yazmıştır. Mahdumlarının birinin ölümü üzerine mersiye olarak aşağıdaki mısraları yazmıştır:
